Subnauticaเกิดขึ้นในปลายศตวรรษที่ 22เมื่อมนุษยชาติเริ่มตั้งรกรากระบบดาวอื่น ๆ Auroraเรือลึกพื้นที่สร้างโดย Alterra คอร์ปอเรชั่นได้ถูกส่งไปยังระบบที่ต้นน้ำด้านนอกของพื้นที่ที่รู้จักกันในการเดินทางครั้งแรกโดยเฉพาะในพื้นที่ที่เรียกว่า Ariadne แขน ภารกิจหลักคือการสร้างส่วนของโครงสร้างพื้นฐานการเดินทางในอวกาศความเร็วสูงที่เรียกว่า Phasegate ใน Ariadne Arm 

อย่างไรก็ตามภารกิจรองที่ลูกเรือส่วนใหญ่ไม่รู้จักคือการค้นหาและอาจช่วยเหลือลูกเรือของเรือที่เรียกว่าเดกาซีซึ่งชนบนดาวเคราะห์ 4546B เมื่อสิบปีก่อน หลังจากแสงเงินแสงทองเข้าสู่วงโคจรของ 4546B มันถูกวางไว้ทางกายภาพโดยชีพจรพลังงานลึกลับและการชน – ลงจอดบนโลก ลูกเรือหลายคนปีนเข้าไปในชีวิตและเจ็ตติสันจากออโรร่าระหว่างการสืบเชื้อสายซึ่งหนึ่งในนั้นคือตัวละครของผู้เล่น ผู้อยู่อาศัยอื่น ๆ ของ Lifepods พินาศด้วยวิธีการต่าง ๆ

โดยปล่อยให้ผู้เล่นเป็นผู้รอดชีวิตคนเดียว ผู้เล่นพบบันทึกของลูกเรือของDegasi ที่ระบุว่ามีเพียงสามคนที่รอดชีวิตจากการชนครั้งแรก แต่ต่อมาสองในสามคนได้รับการยืนยันว่าเสียชีวิตและสันนิษฐานว่าตายไปแล้วหนึ่งคน

ผู้เล่นยังได้เรียนรู้ถึงการมีอยู่ของบรรพบุรุษซึ่งเป็นสายพันธุ์ต่างดาวโบราณขั้นสูงที่มาถึงดาวเคราะห์ 4546B เมื่อประมาณหนึ่งพันปีก่อนเพื่อค้นหาวิธีการรักษาโรคติดเชื้อที่เรียกว่า Kharaa Bacterium ผู้ตั้งถิ่นฐานค้นพบ Kharaa ในระหว่างการสำรวจดาวเคราะห์ที่ไม่รู้จักและโรคนี้แพร่กระจายเนื่องจากความล้มเหลวในขั้นตอนการกักกันทำให้มีผู้เสียชีวิตกว่า 140 พันล้าน การตรวจสอบดาวเคราะห์หลายพันดวงเพื่อพยายามหาวิธีรักษาในที่สุด Precursors ก็ได้ค้นพบสิ่งมีชีวิตชนิดหนึ่งบน 4546B พวกเขาตั้งชื่อว่า Sea Emperor Leviathan ซึ่งผลิตเอนไซม์ที่สามารถรักษา Kharaa ได้ อย่างไรก็ตามจักรพรรดิทะเลที่ยังมีชีวิตเพียงคนเดียวนั้นแก่เกินไปที่จะผลิตเอนไซม์ได้อย่างมีประสิทธิภาพเพียงพอที่จะมีผลกระทบใด ๆ

และบรรพบุรุษไม่สามารถบังคับให้ไข่เพียงฟองเดียวของมันฟักออกมาได้ ในความพยายามที่จะตรวจสอบกระบวนการฟักไข่ของจักรพรรดิแห่งท้องทะเลผู้ตั้งถิ่นฐานได้นำไข่ของสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องกันนั่นคือมังกรทะเลเลวีอาธาน แต่แม่ได้ทำลายสถานที่วิจัยของ Precursor และปล่อยตัวอย่างของ Kharaa เข้าสู่ระบบนิเวศของดาวเคราะห์โดยไม่ได้ตั้งใจ บังคับให้อพยพผู้ตั้งถิ่นฐานได้เปิดใช้งานสิ่งอำนวยความสะดวกที่เรียกว่าแพลตฟอร์มการบังคับใช้การกักกันซึ่งประกอบด้วยอาวุธขนาดใหญ่ที่ยิงบนเรือรบใด ๆ ที่พยายามจะออกหรือลงจอดบนโลก มีการค้นพบว่าอาวุธนี้ทำให้เกิดความผิดพลาดของ 

ผู้ตั้งถิ่นฐานเปิดใช้งานสิ่งอำนวยความสะดวกที่เรียกว่าแพลตฟอร์มการบังคับใช้การกักกันซึ่งประกอบด้วยอาวุธขนาดใหญ่ที่ยิงบนเรือรบใด ๆ ที่พยายามจะออกหรือลงจอดบนโลก มีการค้นพบว่าอาวุธนี้ทำให้เกิดความผิดพลาดของ ผู้ตั้งถิ่นฐานเปิดใช้งานสิ่งอำนวยความสะดวกที่เรียกว่าแพลตฟอร์มการบังคับใช้การกักกันซึ่งประกอบด้วยอาวุธขนาดใหญ่ที่ยิงบนเรือรบใด ๆ ที่พยายามจะออกหรือลงจอดบนโลก มีการค้นพบว่าอาวุธนี้ทำให้เกิดความผิดพลาดของDegasiและออโรรา

จักรพรรดิแห่งทะเลซึ่งแสวงหาอิสรภาพของลูก ๆ ของเธอสื่อสารทางโทรจิตกับผู้เล่นและช่วยให้พวกเขาค้นพบคุกที่เธอถูกกักขังไว้ เธอให้ข้อมูลแก่ผู้เล่นเกี่ยวกับวิธีฟักไข่ของเธอใครทำเช่นนั้นและได้รับการรักษาโดยเอนไซม์ที่ผลิตโดย Sea Emperors ที่เป็นเด็ก ผู้เล่นปิดการใช้งานแพลตฟอร์มการบังคับใช้กักกัน (ทำได้โดยคนเดียวที่ไม่ติดเชื้อ Kharaa)

และสร้างจรวดที่มีพิมพ์เขียวที่พบในซากปรักหักพังของแสงออโรร่า หลังจากหนีออกจากโลก Sea Emperor ได้สื่อสารกับผู้เล่นเป็นครั้งสุดท้ายโดยสัญญาว่าทั้งสองจะ “ไปด้วยกัน” แม้ว่าพวกเขาจะแตกต่างกัน

หลังจากเครดิตของเกมผู้เล่นจะได้รับแจ้งว่าพวกเขามีหนี้ค้างชำระ 1 ล้านล้านเครดิตเนื่องจากอุปกรณ์ที่พวกเขาใช้ตลอดทั้งเกมเป็นทรัพย์สินของ Alterra