Star Trek Onlineตั้งอยู่ในปี 2409/2410, สามสิบปีหลังจากเหตุการณ์ในStar Trek: Nemesis ความเป็นพันธมิตรระหว่างสหพันธรัฐแห่งดาวเคราะห์และจักรวรรดิคลิงออนได้ล่มสลายและพวกเขาก็ทำสงครามอีกครั้ง

 โรมูสตาร์เอ็มไพร์ยังคงที่จะจัดการกับผลกระทบของการสูญเสียของโฮมเวิร์ลดยี่สิบสองปีก่อน (ดังแสดงในที่JJ Abrams ‘ Star Trekภาพยนตร์) ในขณะที่การปกครองจะสร้างกองกำลังของตน กลุ่มBorgได้กลายเป็นภัยคุกคามที่สำคัญอีกครั้ง ในภายหลังการขยาย

Vaadwaur, Iconians, Na’Kuhl, Krenim, Terran Empire, the Voth, Species 8472 (เรียกว่า “The Undine” ในเกม), Tzenkethi และ Hur’q ก็ได้รับการแนะนำให้เป็นศัตรูเช่นกัน