สีแดง Nexusเป็นเกมการกระทำบทบาทการเล่นเล่นได้จากมุมมองบุคคลที่สาม ผู้เล่นสามารถควบคุม Yuito Sumeragi และ Kasane Randall สมาชิกของ Other Suppression Force (OSF) ที่ได้รับมอบหมายให้ปกป้อง New Himuka จากสิ่งมีชีวิตที่รู้จักกันในชื่ออื่นๆ

 ในขณะที่พวกเขาติดตั้งอาวุธระยะสั้นเช่นดาบทั้ง Yuito และ Kasane มีความสามารถของPsychokinesisทำให้สามารถขว้างสิ่งของและเศษซากต่างๆใส่ศัตรูที่เป็นศัตรูได้ อำนาจของตัวเอกสามารถอัพเกรดผ่านเข้าถึง “แผนที่สมอง”

ซึ่งทำหน้าที่เป็นเกมของสกิล ในขณะที่ผู้เล่นก้าวหน้าขึ้นพวกเขาจะได้พบกับสมาชิกในปาร์ตี้ต่างๆที่จะช่วยเหลือพวกเขาในการต่อสู้เพื่อนร่วมทางแต่ละคนมีความสามารถในการต่อสู้ที่เป็นเอกลักษณ์ของตัวเองซึ่งตัวเอกสามารถหามาได้จากความสามารถที่ชื่อว่า

ตั้งอยู่ในอนาคตอันใกล้และความเป็นจริงทางเลือกที่มนุษยชาติพัฒนาเทคโนโลยีและสร้างสังคมโดยอาศัยสารที่พบในสมองของมนุษย์ สารเหล่านี้ยังให้พลังพิเศษแก่มนุษย์อีกด้วย กองกำลังปราบปรามอื่น ๆ (OSF) รับสมัครสมาชิกที่มีความสามารถเหนือธรรมชาติเพื่อปกป้องมนุษยชาติจากผู้อื่นสัตว์ประหลาดที่ไร้จิตใจลงมาจากเข็มขัดการสูญพันธุ์