ในโลกของKena: Bridge of Spiritsผู้ตายสามารถอยู่ระหว่างโลกทางกายภาพและโลกวิญญาณได้ หากพวกเขาได้รับบาดเจ็บหรือรู้สึกไม่เสร็จ หน้าที่ของมัคคุเทศก์คือการเข้าใจความยากลำบากและช่วยให้พวกเขาก้าวต่อไป ในเกม ไกด์วิญญาณหนุ่มชื่อเคน่า (เดวา อายู เดวี ลารัสซานติ) เดินทางไปยังหมู่บ้านร้างเพื่อค้นหาศาลเจ้าบนภูเขาศักดิ์สิทธิ์ เธอรวบรวมเพื่อนตัวน้อยที่เรียกว่าเน่า ซึ่งช่วยเหลือเธอตลอดการเดินทาง ระหว่างทางไปหมู่บ้าน
เธอเผชิญหน้ากับวิญญาณสวมหน้ากากที่ทรงพลังซึ่งเผยให้เห็นว่าตนเองเป็นต้นเหตุของการทุจริตในป่า บังคับให้ป่าไม้เน่าเปื่อยและปล่อยสัตว์ประหลาดที่ร้ายกาจบนแผ่นดิน เคน่ายืนยันว่าเธอสามารถช่วยให้วิญญาณของเขาก้าวต่อไปได้ แต่เขาปฏิเสธและจากไป ในหมู่บ้าน Kena ได้พบกับอดีตผู้เฒ่า Zajuro ( Vlasta Vrána ) ซึ่งแจ้งเธอว่าเธอต้องช่วยวิญญาณที่ติดอยู่ก่อนที่จะได้รับอนุญาตให้เข้าไปในศาลเจ้า
Kena ติดตามวิญญาณของเด็กน้อยสองคน Saiya (Sam Cavallaro) และ Beni (Joshua Vincent) ซึ่งพี่ชาย Taro ( Tod Fennell ) เป็นวิญญาณที่กระสับกระส่ายดิ้นรนเพื่อก้าวต่อไป หลังจากค้นพบความทรงจำของ Taro แล้ว Kena ก็เอาชนะการทุจริตที่ตามทันเขา ทาโรบอกกับเธอว่าหลังจากที่ความเจ็บป่วยได้คร่าชีวิตพ่อแม่ของพวกเขาและแพร่กระจายไปทั่วทั้งหมู่บ้าน เขาจึงพาพี่น้องของเขาไปขอความช่วยเหลือจากรูซู (อลัน อาเดลเบิร์ก)
แต่พวกเขาได้รับคำสั่งให้กลับไปที่หมู่บ้าน ระหว่างทางกลับ Taro ได้เห็นการระเบิดของศาลเจ้าบนภูเขา ผลกระทบได้กวาดล้างหมู่บ้าน ด้วยจิตวิญญาณ เขาออกค้นหาพี่น้องของตนอย่างสิ้นหวัง แต่การทุจริตครอบงำเขา คีน่าบอกให้ทาโรให้อภัยตัวเอง และพี่น้องของเขาต้องการเขา พระองค์ทรงโอบกอดพวกเขา และวิญญาณของพวกมันก็ก้าวต่อไป
Kena พยายามช่วยช่างตีเหล็กของหมู่บ้าน Adira (Amber Goldfarb); ระหว่างทาง เธอได้พบกับวิญญาณของฮาน่า (กีต้า มิลเลอร์) คู่หูของอาดีรา หลังจากที่เคน่าค้นพบความทรงจำของอดิราแล้ว อาดิราก็บอกเธอว่าเธอกับฮานาได้ค้นพบวิธีรวมพลังของภูเขาภายในหัวใจของหมู่บ้าน แต่มันเริ่มจางหายไปแล้ว
เมื่อความเจ็บป่วยเริ่มลามไปทั่วหมู่บ้าน ฮานาก็ออกไปหาอาหารและเสบียง แต่ไม่เคยกลับมา เพื่อช่วย Hana หาทางกลับบ้าน Adira ได้ย้าย Village Heart ไปบนยอดตึกที่สูงที่สุด
ขณะทำเช่นนั้น ศาลเจ้าบนภูเขาก็ระเบิดและกวาดล้างเธอออกไป Kena บอกให้ Adira ให้อภัยตัวเอง และงานที่เธอสร้างร่วมกับ Hana จะเป็นส่วนหนึ่งของแผ่นดินนี้ตลอดไป Adira และ Hana กอดกัน และจิตวิญญาณของพวกเขาก้าวต่อไป
เพื่อไปให้ถึงศาลเจ้าบนภูเขา Kena พยายามช่วยวิญญาณของวิญญาณที่สวมหน้ากากที่ทรงพลัง ซึ่งเปิดเผยว่าเป็นอดีตหัวหน้าหมู่บ้าน Toshi (Masashi Odate) แต่การทุจริตของเขาเอาชนะเธอได้ Kena ค้นพบอดีตของ Toshi ในแดนวิญญาณและพยายามปลดปล่อยเขาจากการทุจริต แต่เขากลับมามีอำนาจเหนือเธออีกครั้งและเข้าควบคุม Rot เธอเผชิญหน้ากับเขาบนยอดเขาซึ่งเขาหลอมรวม Rot กับความเสียหายเพื่อสร้างมอนสเตอร์ Rot ที่เสียหายขนาดยักษ์ Kena นำ Rot กลับมาและเอาชนะสิ่งมีชีวิต โทชิบอกคีน่าว่า หลังจากที่หมู่บ้านถูกโรคภัยไข้เจ็บ
เขาก็หาคำตอบ ซาจูโร่บอกเขาว่ามันเป็นวัฏจักรตามธรรมชาติของเทพเจ้าเน่าและพวกเขาต้องหาบ้านใหม่ แต่โทชิปฏิเสธ เขาเผชิญหน้ากับเทพเจ้าเน่าบนยอดเขาเพื่อสอบถามเกี่ยวกับความทุกข์ทรมานที่เกิดขึ้นกับผู้คนของเขา พระเจ้าเน่าไม่ตอบ ยั่วยุให้โทชิฆ่ามันและทำให้เกิดการระเบิดที่กวาดล้างหมู่บ้านและผู้อยู่อาศัย
เคน่าบอกให้โทชิให้อภัยตัวเอง และวิญญาณของเขากับซาจูโรก็เดินหน้าต่อไป Kena บอกลา Rot เผยให้เห็นว่าเป็นชิ้นส่วนของ Rot God Rot รวมกันเพื่อฟื้นฟูจิตวิญญาณของ Rot God ขณะที่ Kena ทำสมาธิบน Mountain Shrine
