Ghostrunnerตั้งอยู่ในธรรมทาวเวอร์ตึกระฟ้าเหมือนขนาดใหญ่Arcologyที่อยู่อาศัยที่เหลือของมนุษยชาติหลังจากภัยพิบัติระดับโลกที่ไม่ระบุชื่อที่รู้จักกันในชื่อ Burst Ghostrunner ตื่นขึ้นมาโดยไม่มีความทรงจำ แต่ถูกสั่งให้ปลดปล่อยปัญญาดิจิทัลที่เรียกว่า Architect ซึ่งเป็นจิตใจที่สงวนไว้ของ Adam ที่สร้างและปกครอง Dharma Tower

และออกแบบ Ghostrunners ซึ่งเป็นซูเปอร์โซลเยอร์ที่ปรับปรุงเทคโนโลยีซึ่งทำหน้าที่เป็นเครื่องมือในการรักษาสันติภาพและการรักษา สถาปนิกถูกทรยศโดย Mara คนสนิทของเขาในการทำรัฐประหารซึ่งทำลายหน่วย Ghostrunner ส่วนใหญ่โดยที่ตอนนี้รู้จักกันในชื่อ Keymaster Ghostrunner ถูกพบโดยกลุ่มกบฏที่รู้จักกันในชื่อ Climbers เพื่อซ่อมแซม แม้ว่าการกบฏจะถูกทำลายลงทันทีก่อนที่จะเปิดใช้งาน Ghostrunner อีกครั้ง สถาปนิกทำงาน Ghostrunner ด้วยการเอาชนะ Keymaster

Ghostrunner เข้าถึงระบบ Cybervoid ที่เหลืออยู่ เครือข่ายดิจิทัลที่เชื่อมต่อ Dharma Tower และรากฐานที่สนับสนุนความฉลาดของสถาปนิก การทำเช่นนี้ทำให้สถาปนิกสามารถแก้ไขความเสียหายต่อโค้ดของ Ghostrunner ได้ Ghostrunner ได้รับการติดต่อจาก Zoe นักปีนเขาผู้รอดชีวิตซึ่งช่วย Ghostrunner ในการเดินทางเพื่อเอาชนะ Keymaster Zoe ยังตั้งชื่อเขาว่า ‘Jack’ ซึ่งเป็นชื่อรหัสที่ Climbers ใช้ในขณะที่พวกเขากำลังพยายามซ่อมแซม Mara

ปิดการใช้งานระบบกรองอากาศของอำเภอที่เกิดกบฏ ซึ่งจะส่งผลให้ผู้อยู่อาศัยในเขตเสียชีวิตทั้งหมดจากฝุ่นกัมมันตภาพรังสีที่มีอยู่ในบรรยากาศภายนอก Ghostrunner ปฏิบัติตามคำขอของ Zoe ที่ให้เขาเตรียมใช้งานกังหันใหม่เพื่อให้สถาปนิกรู้สึกผิดหวัง ซึ่งถือว่าเรื่องดังกล่าวเป็นสิ่งที่ทำให้ไขว้เขว

Ghostrunner ใช้ลิฟต์ Amida เพื่อไปยัง Dharma City ซึ่งเป็นพื้นที่พิเศษของ Tower Ghostrunner ย้ายเพื่อเข้าถึง Repository ซึ่งเป็นเซิร์ฟเวอร์ Cybervoid ที่ปลอดภัยซึ่งมีข้อมูลก่อน Burst รวมถึงข้อมูลบางส่วนใน Project Ghostrunner Zoe สังเกตเห็นความบิดเบี้ยวในระบบการเฝ้าติดตาม ซึ่งกลายเป็นสิ่งเลียนแบบ Ghostrunners

ที่สร้างโดย Mara ซึ่งเดิมทำงานร่วมกันในการออกแบบ หน่วยขโมยข้อมูลบังคับให้ Ghostrunner เอาชนะมันเพื่อรับการอัพเกรดที่เก็บไว้ในข้อมูล ในระหว่างการต่อสู้ Keymaster ได้ประกาศกับสถาปนิกและ “หุ่นเชิด” ของเขาว่าเมื่อ Ghostrunner พ่ายแพ้เธอจะทำลายระบบ Cybervoid ที่เหลือทั้งหมดโดยจะลบหน่วยสืบราชการลับของสถาปนิกออกไป จากนั้น Ghostrunner จะเข้าสู่ Core ซึ่งเป็นหัวใจของพลังของ Keymaster

ขณะที่ Ghostrunner สำรวจ Core นั้น Zoe ได้รับสัญญาณความทุกข์ ทำให้เธอต้องออกจากพื้นที่ปลอดภัยโดยหวังว่าจะได้ช่วยเหลือ Climber เพื่อนคนหนึ่ง แม้ว่า Ghostrunner จะแนะนำว่าอาจเป็นกับดัก อย่างไรก็ตามเธอกล่าวคำอำลากับเขา คีย์มาสเตอร์พูดกับพลเมืองของหอคอยโดยตรง โดยอธิบายเป้าหมายสุดท้ายของเธอ: การปรับเปลี่ยนร่างกายมนุษย์อย่างรุกรานเพื่อให้สามารถทนต่อสภาพภายนอกได้ ทำให้มนุษยชาติออกไปได้ ผลการวิจัยของเธอสามารถทำได้จริง

แต่ธรรมชาติของการเสริมจะทำลายจิตใจของพวกเขา เหลือเพียงเล็กน้อยที่สามารถรับรู้ได้ว่าเป็นมนุษย์ Ghostrunner สะดุดกับเซิร์ฟเวอร์ Cybervoid สุดท้าย และได้รับความสามารถในการแฮ็กประสาทเทียม ‘Atma’ ที่แพร่หลายของศัตรูของเขา ความสามารถนี้ทำให้ Ghostrunner ตระหนักว่าสถาปนิกมีความสามารถในการควบคุมคน

 และความเห็นว่าสถาปนิกแย่กว่ามาร เมื่อ Ghostrunner ใกล้เข้ามา Mara ก็พูดกับเขาและสถาปนิกซึ่งเธอคิดว่ามหึมาและปีศาจ Mara ตระหนักดีถึงเหตุผลเดียวที่ Ghostrunner จะช่วยภาคส่วนนี้ไว้ตั้งแต่ก่อนหน้านี้

แทนที่จะต้องเดินทางต่อไปเพื่อเผชิญหน้ากับเธอ เพราะ Ghostrunner นั้นไม่เชื่อฟังอย่างสมบูรณ์ และพยายามเกลี้ยกล่อมเขาว่าสถาปนิกเป็นมากกว่าเครื่องจักรที่บ้า เมื่อสถาปนิกปิดปากเธอ Ghostrunner ก็ตระหนักว่าสถาปนิกกำลังโกหกเกี่ยวกับความสามารถของเขาภายในหอคอย Mara ตระหนักว่าเหตุผลเดียวที่ Ghostrunner

จะช่วยชีวิตภาคตั้งแต่ก่อนหน้านี้แทนที่จะเดินทางต่อไปเพื่อเผชิญหน้ากับเธอเพราะ Ghostrunner ไม่เชื่อฟังอย่างสมบูรณ์แบบและพยายามโน้มน้าวให้เขาเชื่อว่า Architect นั้นเป็นมากกว่าเครื่องจักรที่บ้าคลั่ง เมื่อสถาปนิกปิดปากเธอ Ghostrunner ก็ตระหนักว่าสถาปนิกกำลังโกหกเกี่ยวกับความสามารถของเขาภายในหอคอย Mara ตระหนักว่าเหตุผลเดียวที่ Ghostrunner จะช่วยชีวิตภาคตั้งแต่ก่อนหน้านี้แทนที่จะเดินทางต่อไปเพื่อเผชิญหน้ากับเธอเพราะ Ghostrunner ไม่เชื่อฟังอย่างสมบูรณ์แบบและพยายามโน้มน้าวให้เขาเชื่อว่า Architect นั้นเป็นมากกว่าเครื่องจักรที่บ้าคลั่ง เมื่อสถาปนิกปิดปากเธอ Ghostrunner ตระหนักว่าสถาปนิกโกหกเกี่ยวกับความสามารถของเขาภายในหอคอย

Ghostrunner เข้าถึงและเอาชนะ Mara ได้ในที่สุดซึ่งสถาปนิกได้บังคับให้ Ghostrunner เข้าสู่ Cybervoid เนื่องจากความแข็งแกร่งของสถาปนิกเพิ่มขึ้นเมื่อ Ghostrunner โต้ตอบกับเซิร์ฟเวอร์ Cybervoid โดยเขาตั้งใจที่จะดูดกลืน Ghostrunner เข้ากับตัวเองอย่างสมบูรณ์เนื่องจาก Ghostrunner เป็นอิสระและมีความรู้สึก . Ghostrunner ต่อต้านและลัดเลาะไปตามภูมิประเทศ เนื่องจากเป้าหมายของทั้งอดัมและสถาปนิกถูกเปิดเผยว่าควบคุมมนุษยชาติได้อย่างสมบูรณ์

 สถาปนิกมองว่านี่เป็นสิ่งที่ดีกว่าในขณะที่ Ghostrunner มองว่าการรัฐประหารครั้งแรกของ Mara นั้นถูกต้อง Ghostrunner มาถึงการปรากฏตัวของสถาปนิก ซึ่งตั้งข้อสังเกตว่าหากไม่มีเขา Cybervoid

จะหยุดอยู่และฆ่า Ghostrunner Ghostrunner ทำลายเขาอยู่ดี โดยบอกสถาปนิกว่าชื่อของเขาคือแจ็ค โซอี้บรรยายบทส่งท้าย โดยระบุว่าขณะนี้มนุษยชาติมีอิสระที่จะเลือกเส้นทางของตัวเองโดยที่ไม่ถูกควบคุมโดยสถาปนิกหรือมารที่หลงผิด เธอแสดงความกตัญญูต่อแจ็คผู้ซึ่งถูกบอกใบ้ให้กลับมาใช้งานได้อีกครั้ง