ในEvil Genius 2ผู้เล่นได้รับมอบหมายให้สร้างที่ซ่อนของอาชญากรบนเกาะเขตร้อนเพื่อสร้างอุปกรณ์วันโลกาวินาศอย่างลับๆ ขณะปฏิบัติการคาสิโนเป็นที่กำบัง ผู้เล่นต้องสร้างห้องต่างๆ โครงสร้างพื้นฐานและสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ เพื่อรองรับการทำงานของฐานและปลดล็อกการปฏิบัติการใหม่ และตั้งค่ากับดักที่ฆ่าตัวแทนที่แทรกซึมและรักษาการป้องกันของฐาน มีสี่อัจฉริยะที่ชั่วร้ายให้ผู้เล่นเลือกตั้งแต่เริ่มเกม ซึ่งแต่ละคนมีภารกิจพิเศษเฉพาะของตนเอง

ความสามารถพิเศษ และอุปกรณ์วันโลกาวินาศ ผู้เล่นยังต้องเลือกเกาะสามเกาะที่มีการออกแบบและคุณสมบัติที่แตกต่างกัน ภายในฐาน ผู้เล่นสามารถฝึกมินเนี่ยนต่างๆ ได้เป็นสามคลาส: กล้ามเนื้อ การหลอกลวง และวิทยาศาสตร์ มินเนี่ยนแต่ละตัวมีบุคลิกและลักษณะเฉพาะที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น มินเนี่ยนบางตัวมีความช่างสังเกตมากกว่าตัวอื่นๆ ทำให้พวกมันสามารถตรวจจับบุคคลที่น่าสงสัยได้ 

ผู้เล่นต้องส่งลูกน้องไปทั่วโลกเพื่อทำภารกิจให้สำเร็จและก่ออาชญากรรมเพื่อรวบรวมทองคำ ผู้เล่นจะค่อยๆ สร้างเครือข่ายอาชญากรของตนเอง และจ้างหัวหน้าแก๊งอาชญากรที่ทรงพลังมาเป็นลูกน้องของพวกเขา ผู้เล่นยังสามารถเติมเรื่องราวเสริมเพื่อปลดล็อกผู้เชี่ยวชาญด้านมินเนี่ยนหรือไอเทมพิเศษ เมื่อปฏิบัติการของผู้เล่นขยายออกไป พวกเขาจะดึงดูดความสนใจของ Forces of Justice ซึ่งจะส่งตัวแทนไปตรวจสอบและแทรกซึมฐานของผู้เล่น

 ผู้เล่นสามารถทดสอบอุปกรณ์วันโลกาวินาศของตนในส่วนต่างๆ ของโลกได้ทุกเมื่อที่ต้องการ แม้ว่า Forces of Justice จะพยายามแทรกแซง มินเนี่ยนสามารถส่งไปยังการแจ้งเตือนระดับสูง ซึ่งพวกเขาจะพยายามค้นหา จับ หรือฆ่าผู้บุกรุกอย่างแข็งขันเป้าหมายสูงสุดของการเล่าเรื่องของเกมคือการยึดครองโลกและปรับใช้อาวุธทำลายล้างสูง ซึ่งจะกระตุ้นให้กองกำลังแห่งความยุติธรรมยอมจำนน 

ในบรรดาวายร้ายที่สามารถเล่นได้ ได้แก่ อดีตสายลับเอ็มม่า (ให้เสียงโดยSamantha Bond ), อดีตลูกน้อง Red Ivan ( Brian Blessed ), Maximilian เผด็จการผู้คลั่งไคล้ทองคำ (Glen McCready) และนักวิทยาศาสตร์ Zalika ( Rakie Ayola )