Boneworksหมุนรอบการมีปืนที่เหมือนจริงและระบบฟิสิกส์ที่ซับซ้อน ในเกมผู้เล่นจะต้องหลบหนีและต่อสู้เพื่อหาทางออกจากเมืองเสมือนจริงโดยหมุนไปตามปฏิสัมพันธ์ทางฟิสิกส์ที่สมจริง ผู้เล่นสามารถจัดการวัตถุทั้งหมดในโลกได้ตามขนาดและน้ำหนักในชีวิตจริงของวัตถุ วัตถุขนาดเล็กเช่นถ้วยหรือค้อนสามารถหยิบได้ง่ายด้วยมือเดียวในขณะที่วัตถุขนาดใหญ่เช่นลังหรือขวานต้องใช้ความพยายามมากกว่าในการหยิบ 

อาวุธในBoneworksมีลักษณะทางกายภาพมากด้วยการโหลดอาวุธด้วยตนเองและการดำเนินการระยะประชิดที่หนักหน่วงเพื่อจำลองความพยายามในการดำเนินการในชีวิตจริง ผู้เล่นยังสามารถเลือกศัตรูตัวเล็ก ๆ แล้วโยนหรือทุบมันเข้ากำแพง ศัตรูสามารถคว้าและยิงได้พร้อมกัน ระดับในเกมมีหลายวิธีในการบรรลุเป้าหมายเช่นการวางกล่องซ้อนกันหรือปีนหิ้ง

 เกมดังกล่าวสนับสนุนให้ไขปริศนาได้ทุกวิธีแม้ว่าจะหมายถึงการโกงหรือการไขปริศนาด้วยวิธีที่ไม่ได้ตั้งใจก็ตาม มีโหมดเกมและแผนที่หลายแบบรวมถึงโหมดอารีน่าและโหมดแซนด์บ็อกซ์ 

แผนที่ต่างๆสามารถปลดล็อกได้โดยหา “โมดูล” เพื่อเสียบเข้ากับเมนูหลัก รายการอื่น ๆ สามารถปลดล็อกได้โดยค้นหา “กล่องกระดูก” ที่มีสิ่งที่ปลดล็อคได้และวางไว้ในพื้นที่ถมที่ใกล้กับจุดสิ้นสุดของระดับ คุณยังสามารถวางปืนและอาวุธระยะประชิดในพื้นที่เพื่อใช้ในอารีน่าหรือแซนด์บ็อกซ์ สามารถพบปืนได้หลายแบบรวมถึงสิ่งที่แนบมาเช่นสถานที่ท่องเที่ยวที่จับและสิ่งที่แนบมาด้วยเลเซอร์