สามปีหลังจากการผจญภัยครั้งก่อนของเธอ Reisalin “Ryza” Stout ทำงานเป็นทั้งนักเล่นแร่แปรธาตุและครูในเกาะ Kurken จนกระทั่งเธอได้รับเชิญจาก Tao Mongarten เพื่อนของเธอซึ่งกำลังเรียนอยู่กับเพื่อนอีกคน Bos Brunnen ในเมืองหลวง Ashra-am Baird เพื่อช่วยในการค้นคว้าเกี่ยวกับซากปรักหักพังในบริเวณใกล้เคียง 

ในโอกาสนี้เธอได้รับมอบหมายให้มอริตซ์บรุนเนนพ่อของบอสให้ค้นพบเพิ่มเติมเกี่ยวกับหินลึกลับที่อยู่ในความครอบครองของเขา เธอพาหินไปกับเธอเดินทางไปเมืองหลวงและกลับมารวมตัวกับเทาและบอสอีกครั้ง Ryza และ Tao เริ่มการสืบสวนของพวกเขาพร้อมกับ Patricia Abelheim ลูกศิษย์ของ Tao แต่หลังจากนั้นไม่นาน Ryza ก็พบว่าหินก้อนนี้เป็นไข่ซึ่งมีสิ่งมีชีวิตลึกลับฟักออกมาซึ่งเธอให้ชื่อว่า “Fi”

ในฐานะ Ryza และ co. ทำการวิจัยเกี่ยวกับซากปรักหักพังและการเชื่อมต่อกับ Fi ต่อไปพวกเขารวมตัวกับเพื่อนของพวกเขา Klaudia Valentz และ Lent Marslink โดยมี Clifford Diswell นักล่าสมบัติและสมาชิกของเผ่าพันธุ์ Oren ชื่อ Serri Galus เข้าร่วมปาร์ตี้ด้วย พวกเขายังได้พบกับอดีตอาจารย์ของพวกเขา Empel Vollmer และ Lila Decyrus

ซึ่งทำวิจัยของตนเองแยกจากคนอื่น ในโอกาสนี้ Empel เปิดเผยว่า Fi เป็นสิ่งมีชีวิตจากยมโลกที่ต้องการดูดซับมานาจำนวนมากเพื่อความอยู่รอดและต้องถูกส่งกลับไปยังถิ่นที่อยู่เดิมมิฉะนั้นจะอยู่รอดได้ไม่นาน เพื่อป้องกันสิ่งนี้ Ryza และเพื่อน ๆ ของเธอยังคงเปิดเผยความลึกลับของซากปรักหักพังโดยใช้ Fi ดูดซับพลังงานจากผลึกมานาขนาดใหญ่ที่อยู่ภายในพวกมันเพื่อบำรุง

ในขณะเดียวกัน Empel และ Lila ได้เรียนรู้ว่าผลึกมานาทำหน้าที่เป็นตราประทับที่ปกป้องพื้นที่ แต่ล้มเหลวในการเตือน Ryza ก่อนที่ Fi จะดูดซับพลังงานจากผลึกสุดท้ายยกผนึกและปลดล็อควิหารที่ซ่อนอยู่ ภายในวิหารงานเลี้ยงของ Ryza ค้นพบประตูขนาดใหญ่ไปยัง Underworld ซึ่งมี Philuscha สายพันธุ์ที่แข็งแกร่งกว่าโผล่ออกมา 

ปาร์ตี้เผชิญหน้าและโค่นล้ม Philuscha หลังจากเอาชนะผู้นำของพวกเขาซึ่งก็คือ Legendary Monarch จากนั้น Ryza ก็อำลา Fi ซึ่งเดินผ่านประตูไปก่อนที่ Empel จะปิดผนึก เมื่อทุกอย่างคลี่คลาย Ryza ก็อำลาเพื่อน ๆ ของเธอและกลับบ้านซึ่งแน่นอนว่าเธอจะได้พบกับพวกเขาอีกครั้งในที่สุด